Artykuł dotyczy tematyki związanej z wykorzystaniem mapy ryzyka w projektowaniu organizacji procesowej. Prezentowane są podstawowe wyznaczniki funkcjonowania tego typu struktury uwzględniające przede wszystkim jej relacje z otoczeniem zewnętrznym, jak również zależności wewnętrzne w ujęciu holistycznym. Scharakteryzowano także istotę ryzyka, sposoby jego identyfikacji oraz wartościowania. Ponadto dokonano identyfikacji modelu organizacji procesowej w aspekcie kryterium ryzyka. W projektowaniu struktury skoncentrowano się przede wszystkim na pięciu etapach metodyki tworzenia organizacji procesowej od podstaw. W artykule zawarto również studium przypadku obrazujące praktyczną analizę ryzyka w kontekście projektowania przedsiębiorstwa „Trans”, które według założeń będzie wdrażało zarządzanie procesowe z wykorzystaniem uwarunkowań logistycznych. W oparciu o działania związane z analizą otoczenia oraz identyfikacją źródeł ryzyka stworzona została mapa ryzyka. Na tej podstawie dokonano oceny głównych kategorii zagrożeń, zarówno dla poszczególnych etapów projektowania przedsiębiorstwa, jak i jego późniejszego funkcjonowania. Stworzono także katalog działań zapobiegawczych, związanych z minimalizacją prawdopodobieństwa wystąpienia danego zagrożenia.